Dorfname stammt vom Haupt einer kleinen Siedlungsgenossenschaft mit dem Namen „Epino“ im 7. oder 8. Jahrhundert.

Durch Verkauf von Eppishausen, Aspach und Weiler im Jahre 1540 kam der Ort an die Inhaber der Herrschaft Kirchheim.

Mit der Rheinbundakte 1806 kam der Ort zu Bayern. Auf Grundlage des Gemeindeediktes von 1818 entstand die politische Gemeinde Eppishausen.

Am 22.05.1951 fasste der Gemeinderat den Beschluss, das Familienwappen der ehemaligen Grundherren von Tanneck als Gemeindewappen zu führen. Das Wappen hat folgenden heraldischen Beschrieb: „In Schwarz drei, zwei zu eins gestellte silberne Kübel mit goldenen Reifen“.

Im Zeitraum von 1934 bis 1967 wurden in Eppishausen fünf verschiedene Verfahren zur Flurbereinigung durchgeführt.

Die Gemeinden Eppishausen, Haselbach, Könghausen und Mörgen schlossen sich zum Schuljahr 1966/1967 dem Schulverband Kirchheim an, der damit damals der größte Schulverband im Landkreis Unterallgäu wurde.