Alemannische Siedlung um 550 erwähnt mit dem Namen „Moringen“, älteste Siedlung in der Umgebung.
Eine Burg, vermutlich eine Wasserburg, ist südwestlich der Kirche auf einer Ebene nachweisbar.

Zu Mörgen gehörte die abgegangene Kleinsiedlung Ganhausen auf dem südlichsten Teil der Flur. Ab 1435 gehörte „Mergen“ an die Fugger Kirchheim.
Im Jahre 1551 kam Mörgen zusammen mit Kirchheim in Schwaben an die Fugger, die den Ort erst 1809 der bayerischen Krone als Lehen überstellten. Das Kirchheimer Bauernschießen nahm seinen Ausgang im Ort, als 1785 die Menschen sich gegen die Oberherrschaft auflehnten. Ab 1848 ging die gesamte standes- und gutsherrliche Gerichts- und Polizeigewalt auf den Staat über (Landgericht Türkheim).

Eine Flurbereinigung fand in den Jahren 1963 bis 1967 statt.

Am 1. Mai 1978 wurde das bis dahin selbständige Mörgen in die Gemeinde Eppishausen eingegliedert.